組織沿革：災害防救辦公室成立之初，係屬行政院常設任務編組單位（99年2月1日至100年12月31日），而後因災害防救益形重要，並配合行政院院本部組織再造，於101年1月1日於行政院院本部納入正式編制單位，成立災害防救辦公室，置專責人力，其組織名稱納入行政院處務規程，如下圖。

組織沿革圖片說明如下：

98年11月6日
修正「中央災害防救會報設置要點」 明訂會報幕僚作業由行政院災害防救辦公室辦理。

99年2月1日
行政院成立災害防救辦公室任務編組。

99年2月3日
總統頒布行政院組織法修正通過,第 14條明訂「政府為處理特定事物, 行政院設專業單位」。

99年8月4日
「災害防救法修正條文」災防法第7條,明訂中央災害防救組織(中央災害防救會報、 中央災害防救委員會、行政院災害防救辦公室、災害防救諮詢委員會、國家災害防救科技中心、國家搜救指揮中心及內政部災害防救署。)

99年12月1日
核定「行政院災害防救委員會設置要點」 停止適用。

99年12月2日
函頒中央災害防救組織之「行政院災害防救辦公室設置要點」等共6項設置要點。

100年10月27日
函頒「行政院處務規程」. 災害防救辦公室為編制幕僚單位。

101年1月1日
配合組改行政院成立災害防救辦公室納入正式編制。

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